TSK dışında Emniyet Genel Müdürlüğü'ne ait önemli gizlilik derecesi bulunan belgeler de yine ekler arasında. Gizlilik dereceli ve emniyet içinde olduğu iddia edilen "Fethullah Gülen Örgütlenmesi"ne ilişkin geniş bir rapor da yeralıyor. Bu raporda emniyet içindeki yönetici ve memurların isimleri, geçmişleri, görev alanları tek tek belirtiliyor. Yine Türkiye genelinde söz konusu örgütlenmeye ait olduğu iddia edilen okul, iş yeri, gazete, dergi radyo ve yurt benzeri kurumlara ilişkin de detaylı çalışmalar eklerde yeralıyor. Bunun yanı sıra, İstanbul'daki Mason yapılanması bu yapılanma içindeki isimler ile yine İstanbul'daki yabancılara ait vakıflar, vakıfların mal varlıkları, bu mal varlıklarının kimler tarafından nasıl kontrol edildiği de listeler halinde dökümlü olarak veriliyor. Şirketlere ait sırları da ekler arasında. Özellikle üç medya şirketine ait yapılanma ve hesaplar ile ticari faaliyetleri dökümler halinde eklerde yeralıyor.
Başbakan ile Genelkurmay Başkanı'na ait olduğu iddia edilen konuşmalar, yine Başbakan'ın yabancı devlet adamlarına yazdığı iddia edilen mektup ve özel notlar da ekler arasında. Eklerde MİT raporları da geniş bir yer tutuyor. MİT tarafından yazıldığı iddia edilen birden fazla rapor da eklerin arasında yerini almış. Sabancı suikastinden, Susurluk kazasına ve Başbakan veya Başbakan eşleri ile bazı kamu yöneticilerine ilişkin raporlar MİT damgasını taşıyor.
Ergenekon davası iddianamesinin 441 sayfalık eklerinde tarihi belgeler de yeralıyor. 1970'li yıllardaki sol örgüt yapıları, bunlara ait yayınlanmamış bir çok fotoğraf, 1973 tarihli THKO'nun iddianamesi de orijinal biçimiyle eklerde yeralıyor. Eklerde yeralan ilginç bir rapor da 1947 tarihini taşıyor: Maliye Müfettişi Burhan Ulutan'ın 15/9/1947 tarihli "Cenup-Şark Anadolu Halkına Dair Düşünceler" Van raporu… Ayrıca katliamın yaşandığı 1 Mayıs 1977'de Kontrgerilla olarak tanımlanan kişilerin 5 sayfadan oluşan telsiz konuşmaları da ekler arasında.
İddianamenin 441 klasörlük eklerinde "hangisini istersen seç oku" dedirtecek ve halen bir çoğu medyaya yansımamış belgelerin konu başlıklarından bazıları şöyle:
-Ana başlığı, "Türk'ün Anası, Türk Kadını" olan proje. Projenin alt başlığı şöyle: "Türk Erkeği ‘Anasını, Kardeşini, Karısını, Kızını' Baş Tacı Edendir" Projesi. Bu projede Türk kadının tanımı yapılıyor, kadının toplumsal, tarihsel günlük yaşam tarzları ve hedeflerini içeriyor.
-İstanbul'da yabancılara ait vakıf, vakıf malları ve kullanım biçimine ilişkin liste
-1992, 1993 yılı subay atama emrini içiren hizmete özel doküman, Jandarma Genel Komutanlığı İnsan Hakları Broşürü
-Özellikle Susurluk kazası sonrası olayları, kişiler ve kişiler arası bağlantıları içeren çok sayıda Başbakanlığa sunulan MİT raporları
-Abdullah Çatlı'nın hayatı. Çatlı'nın beraber olduğu bayan siyasetciye ilişkin özel not ve rapor
-Emniyet Genel Müdürlüğü ile il emniyet müdürlerinin çeşitli olaylara ilişkin gizli resmi yazışmaları
-Milletvekillerine, kamu yöneticileri ile emekli veya muvazzaf subaylara ilişkin kişisel notlar, iddialar
-Medya sektöründe faaliyet gösteren bazı şirketlerin şirket sırları ile kurumsal yapılanmalarını içeren doküman
-TSK'ya ait 2001-2002 Bakım İkmal Yeterlilik Değerlendirmesi Düzenletici İşlem Takip Tablosu
-Deniz Kuvvetleri Komutanlığı İstanbul Tersane Komutanlığı alım yetki belgeleri ve ihale teklifleri
-Ulusal Köy Kütüphaneleri Projesi
-Milli Savunma Bakanlığı Teftiş Yönetmeliği 2006, Genelkurmay Basımevi Hizmete Özel
-Güneydoğu'da görev yapan timlerin özel haftalık istihbarat notları
-AKP Hükümeti tarafından gerçekleştirilen irticai nitelikli yasal düzenlemeler. Gizli ibareli hangi kurum tarafından hazırlandığı belirtilmeyen doküman
-Pişmanlık Yasasından şimdiye kadar ifade veren örgüt üyeleri isim listesi,
-AİHM'den Türkiye aleyhine karar çıkartanların listesi ve tam dokümanı
-15-16 Temmuz 2003 Tarihlerinde Sayın Genelkurmay Başkanının Refakatlerinde 1, 2, 3, ve Ege Ordu Komutanları ile Nato Güneydoğu Müşterek K, Harp Akademileri ile Donanma Komutanları ile yapılan görüşmelerde Ülke Sorunları İle İlgili Vurgulanan Hususlar" Gizli ibareli doküman
-Yüksek Askeri Şura Konuşma Notu (2003) Gizli ibareli. Bu dokümanla bağlantılı bir çok askeri personele ilişkin özel notlu bilgi notları
-AB ve ABD'den para alan sivil toplum kuruluşlarının listesi
-Erdek Deniz Üs Komutanlığı bünyesinde Dış Ülkelerin Ders Kitaplarında Türkler ve Türkiye Cumhuriyeti Devleti Aleyhine Tespit edilen Hususlar Dokümanının özeti
-Kara Kuvvetleri İstihbarat Başkanlığı'nca hazırlanmış Türkiye ve bölgesine ilişkin kapsamlı, harita, grafik ve birliklerin konuşlanmalarını gizlilik dereceli rapor
-Türkiye genelini kapsayan ayrıntılı Genelkurmay Başkanlığı İrticai Örgütlerin Tehdit Değerlendirmesi raporu (2003)
-Kara Kuvvetleri Komutanlığı Sınır Güvenlikleri Sistemi (SGS) ayrıntılı gizlilik dereceli doküman
-Türk Silahlı Kuvvetleri Bilgi Harbine Nasıl Hazırlanmalı? Gizlilik dereceli kapsamlı rapor (1999)
-Türkiye Cumhuriyeti'nin Laiklik İlkesinin devamlılığının Sağlanması İçin Yapılması Gereken Çalışmalar, 1999, Harp Akademileri
-Diyarbakır Jandarma Asayış Komutanlığı İç Güvenlik Harekat Değerlendirme Raporu Gizli ibareli raporda, Güneydoğu'daki birlik sayısı, ateş gücü ve birlik konuşlanmaları ile mücadele yöntem ve taktikleri ayrıntılı biçimde anlatılıyor
-Maliye Müfettişi Burhan Ulutan'ın 15/9/947 tarihli "Cenup-Şark Anadolu Halkına Dair Düşünceler" Van raporu
-Başbakan Recep Tayyip Erdoğan'ın, ABD Savunma Bakan Yardımcısı Woltfowitz'e rica için yazdığı iddia edilen 4 Kasım 2002 tarihli mektup
-AKP'li milletvekillerine ilişkin özel detaylı bilgi notları, TKP'nin örgütlenmesine ilişkin detaylı çalışma (2003)
-ATO Başkanı Sinan Aygün'ün çeşitli ülkelerin cumhurbaşkanları ile dışişleri bakanlarına terörizmle ilgili yazdıkları mektup ve yanıtları
-Jandarma Genel Komutanlığı'na ailt Sorgulama ve Soruşturma Teknikleri üzerine detaylı çalışmayı içeren doküman
-Sabancı cinayetine ilişkin MİT'in hazırladığı iddia edilen rapor
-Türkiye'yi yönetenlerin etnik kimlikleri ve geçmişleri.
Bu belgelerin eklerde yeralması ve kolay ulaşılabilir olması doğru mu, sorusu tartışılıyor. ANKA'nın görüşlerine başvurduğu hukukçular, özellikle devlet sırlarının açık biçimde eklerde yeralmasının suç olduğu görüşünde. Hukukçuların bu konudaki görüşleri ise şöyle:
Talat Şalk (Kapatılan Ankara DGM eski Cumhuriyet Savcısı, Öcalan'ı mahkum eden iddianameyi yazan savcı): "Özel hayatı ilgilendiren, suç ile ilgisi olmayan konular dosyaya konamaz. Bunlar imha edilir. Dosyaya, sadece iddia ile suçu gösterecek deliller konulur. Bunların konması suçtur. Bunlar hakkında şikayet olursa kanuni işlem yapılır. Gizli denilen belge aynen iddianameye alınmış. Bütün bunlar olmaması gereken şeyler. Sanık olmayan kişileri de iddianameye almak bana ters geliyor. Devlet sırrı kabul edilen belgelerin duyurulmaması lazım. Genelkurmay belgeleri, emniyet belgeleri ifşa ediliyor. Şu ana kadar böyle bir iddianame görmedim. Bana ters geliyor."