Laikliğin bir siyasi rejim olarak, din ve devlet işlerinin birbirinden ayrılması olduğunu belirten Bardakoğlu, "21. yüzyılda Türkiye laikliği çok olumlu meyveler verecektir, buna yürekten inanıyorum. Türkiye laikliği hem İslam dünyası için, hem Batı için çok önemli kazanımlar verecek güçtedir ve böyle bir potansiyele sahiptir. Pozitif bir model olarak görüyorum. Yeter ki laikliği uygularken, laikliği anlarken, onu dinin karşıtı ve din dışı bir ideoloji haline getirmeyelim" diye konuştu.
Toplumun türban yasağını baskı olarak gördüğü ile ilgili düşüncelerinin sorulması üzerine Bardakoğlu, "Bu çetrefil bir konu, ama ben Diyanet İşleri Başkanı olarak sürekli Müslüman kadınların başörtüsünün dini hükmü nedir konusunda çok açık ve net ifadelerde bulundum. Hep dedim ki, 14 asırdır Müslümanlar kadınların başını örtmesini dini bir gereklilik olarak görmüşlerdir ve genel çizgi, genel manzara budur. Yani bu kişisel takdirlerden, bakış yönlerinden bağımsız çok net bir resimdir" diye konuştu.
"Bu düne gitseniz de böyle, bugün baksanız da böyle. Kuzey Afrika'ya gitseniz de böyle, Endonezya'ya gitseniz de böyle. Tabi Müslümanların bu kanaati kendiliğinden oluşmuş değil, Kur'an'la irtibatı var, Peygamberin uygulamalarıyla irtibatı var, Müslümanların bunu anlama tarzlarıyla irtibatı var. Dinin ana kaynağı Kur'an'dır. Onun açıklayıcısı Hazreti Peygamber'dir. Müslümanların bunu anlayış tarzları da bir sosyal veri olarak bizim için önem taşır. Biri çıkıp bana göre Kur'an'da başörtüsü vardır yoktur gereklidir gereksizdir tartışması ayrı bir konudur ama Müslümanların 14 asırdır bunu böyle algıladığı çok açık bir veridir. Bu bir din bilimi işidir. Bu konunun, dini bilginin ve dini bilimlerin konuşulma ve tartışılma üslubu çok önemlidir."
Bilim tarihinde metodolojiyi ilk kuranların Müslümanlar olduğunu ifade eden Bardakoğlu, son dönemlerde televizyon ekranlarına çıkan din görevlilerini de eleştirdi.
Akyol'un "Toplumun yüzde 93'ü başörtülü kadınlardan rahatsız olmuyor ama çarşaf, şalvar gibi şeyler dendiği zaman toplumun önemli bir kesimi bundan rahatsızlık duyuyor ve genellik tarikatların bunları telkin ettiği yönünde bir kanaat var bunu nasıl değerlendiriyorsunuz" sorusuna da Bardakoğlu, "Şalvar ve çarşaf dini bir gereklilik değildir. Dinin istediği bir kıyafet tarzı değildir. Çünkü din sadece kadınların yüzleri hariç elleri hariç örtünmesi ile ilgili genel prensip koymuştur. Artık bundan sonrası insanların estetik duygularıyla, şehirleşebilmeleriyle, kültürleriyle alakalı" diye cevap verdi.