Vakıflar Yasası'nın vetolu maddelerinden 5'nci madde, yabancıların Türkiye'de, hukuki ve fiili mütekabiliyet esasına göre yeni vakıf kurabilmelerine imkan tanıyor. Yasa'nın 11'nci maddesine göre de, Genel Müdürlükçe yapılan tebligata rağmen, kanun uyarınca istenen beyanname, bilgi ve belgeleri zamanında vermeyen, organların vakfiye veya vakıf senedine aykırı olarak toplanmasına sebebiyet veren veya gerçeğe aykırı beyanda bulunan vakıf yönetimine, Genel Müdürlük tarafından her bir eylem için 500 YTL idari para cezası verilecek.
Yasa'nın 12'nci maddesine göre ise vakıflar mal edinebilecek, malları üzerinde her türlü tasarrufta bulunabilecekler. Mülhak, cemaat, esnaf vakıfları ile yeni vakıflara, başlangıçta özgülenen mal ve haklar, vakıf yönetiminin başvurusu üzerine, haklı kılan sebepler varsa, denetim makamının görüşü alınarak mahkeme kararı ile sonradan iktisap ettikleri mal ve hakları ise bağımsız ekspertiz kuruluşlarınca düzenlenecek rapora dayalı olarak vakıf yetkili organının kararı ile daha yararlı olanları ile değiştirilebilecek veya paraya çevrilebilecek. Kurucularının çoğunluğu yabancı olan vakıfların, taşınmaz mal edinmeleri hakkında, Tapu Kanunu hükümleri uygulanacak.
16'ncı maddenin görüşmeleri sırasında Vakıflar Yasası'na karşı çıkan MHP, bir önerge vererek, kapalı oturum istedi. MHP'nin önergesi yapılan kapalı oturumda AKP'nin oylarıyla reddedildi. 16'ncı maddeye göre ise, mazbut vakıflara ait hayrat taşınmazlara, Genel Müdürlük tarafından öncelikle vakfiyeleri doğrultusunda işlev verilecek. Genel Müdürlükçe değerlendirilemeyen veya işlev verilemeyen hayrat taşınmazlar, fiilen asli niteliğine uygun olarak kullanılıncaya kadar kiraya verilebilecek. Hayrat taşınmazlar, Genel Müdürlük tarafından işlev verilmek amacıyla vakfiyesinde yazılı hizmetlerde kullanılmak üzere, onarım ve restorasyon karşılığı kamu kurum ve kuruluşlarına veya benzer amaçlı vakıflara veya kamu yararına çalışan derneklere tahsis edilebilecek. Tahsis edilen taşınmaz, ticari bir faaliyette kullanılamayacak; tahsise aykırı kullanımın tespiti halinde taşınmaz tahliye edilecek. Cemaat vakıflarına ait, kısmen veya tamamen hayrat olarak kullanılmayan taşınmazlar, vakıf yönetiminin talebi durumunda Meclis kararıyla aynı cemaate ait başka bir vakfa tahsis edilebilecek veya vakıf akarına dönüştürülebilecek.
Yasa'nın 25'nci maddesi ise vakıfların, vakıf senetlerinde yer almak kaydıyla, amaç veya faaliyetleri doğrultusunda, uluslararası faaliyet ve işbirliğinde bulunabilmelerine imkan tanıyor. Maddeye göre vakıflar yurtdışında şube ve temsilcilik açabilecekler, üst kuruluş kurabilecekler ve yurt dışında kurulmuş kuruluşlara üye olabilecekler. Vakıflar, yurtiçi ve yurtdışındaki kişi, kurum ve kuruluşlardan, ayni ve nakdi bağış ve yardım alabilecek, yurtiçi veya yurtdışındaki benzer amaçlı vakıf ve derneklere ayni ve nakdi bağış ve yardımda bulunabilecek. Ancak yurtdışı nakdi yardımlar, banka aracılığıyla alınabilecek.
Meclis Genel Kurulu'nda yapılan görüşmelerde, yasanın 26'ncı maddesi AKP'nin verdiği önergeyle değiştirildi. 26'ncı madde, vakıfların amaçlarını gerçekleştirmeye yardımcı olmak ve vakfa gelir temin etmek amacıyla genel müdürlüğe bilgi vermek şartıyla, iktisadi işletme ve şirket kurabilmelerine, kurulmuş şirketlere ortak olabilmelerine imkan sağlıyor. Önerge ile yapılan değişikliğe göre ise kurulan iktisadi işletmeler ve şirketlerden elde edilebilecek gelirler, vakıf senedinde yer alan amaç dışındaki işler için tahsis edilemeyecek.
Yasa'nın bugün kabul edilen 41 ve 68'nci maddelerine göre ise Vakıflar Meclisi, Vakıflar Genel Müdürlüğünün en üst seviyedeki karar organı olarak görev yapacak. Vakıflar Meclisi, Vakıflar Genel Müdürü, 3 genel müdür yardımcısı ve 1'nci hukuk müşaviri olmak üzere 5, vakıf konusunda bilgi ve deneyim sahibi yükseköğretim mezunları arasında Başbakanın teklifi üzerine ortak kararnameyle atanacak 5 üye ile yeni vakıflarca seçilecek 3, mülhak ve cemaat vakıflarınca seçilecek 1'er üye olmak üzere toplam 15 üyeden oluşacak. Vakıflar Genel Müdürü, genel müdür yardımcısı, 1'nci hukuk müşaviri ile bölge müdürü ortak kararnameyle, rehberlik ve teftiş başkanı ile daire başkanı, genel müdürün teklifi, Başbakan'ın veya görevlendirdiği devlet bakanının onayıyla, diğer personel ise Genel Müdür tarafından atanacak.