İddianamede, Eminağaoğlu hakkında Bakanlık’ın talepleri doğrultusunda dava açılması talep edildi. Eminağaoğlu’nun hakim ve savcıların telefonlarının dinlenmesine ilişkin açıklaması nedeniyle “basın yoluyla hazırlık soruşturmasının gizliliğini ihlal” suçundan 4.5 yıla kadar hapis istemiyle dava açılması istendi. Ergenekon soruşturmasındaki usul eksikliklerine ilişkin açıklamalar nedeniyle “basın yoluyla adil yargılamayı etkilemeye teşebbüs” suçundan ceza verilmesi istendi. İddianamede ayrıca YARSAV adına Yargıtay binasında yapılan basın açıklaması yüzünden de Dernekler Kanunu’na aykırılıktan idari para cezası istendi.

Adalet Bakanlığı Osman Kaçmaz ve Eminağaoğlu hakkında ayrı ayrı yürütülen soruşturma dosyalarını son aşamada birleştirirek tek bir rapor haline getirmişti. Eminağaoğlu hakkındaki iddianame de bu yüzden Kaçmaz’ın görev yaptığı 1. Ağır Ceza Mahkemesi’ne değil, doğrudan 2. Ağır Ceza Mahkemesi Başkanlığı’na gönderildi. Ancak bu Mahkeme, Eminağaoğlu ile Kaçmaz’ın raporları aralasında bir irtibat bulunmadığını belirterek dosyanın gönderileceği mahkemenin “dağıtımla” belirlenmesini istedi. Bunun üzerine yapılan UYAP kurasıyla dosya Sincan 1. Ağır Ceza Mahkemesi’ne gitti. Bu durumda Eminağaoğlu’nun yargılanıp yargılanmayacağına Osman Kaçmaz karar verecek.